相對于其他三個保稅區(qū)，坪山新區(qū)保稅區(qū)的明顯優(yōu)勢在于： 
1、可做深加工，此保稅區(qū)是深圳唯一享有此政策的保稅區(qū)。
2、時效性更強(qiáng)，出口貨物不需要換港車經(jīng)過香港，隨到隨走。 
3、退稅更及時。
1、免征企業(yè)流轉(zhuǎn)環(huán)節(jié)的增值稅和消費(fèi)稅；外匯管理寬松；進(jìn)口設(shè)備全額保稅，不實(shí)行免稅額度控制，國內(nèi)采購的貨物視同出口，實(shí)行入?yún)^(qū)退稅政策。


2、實(shí)現(xiàn)“境內(nèi)關(guān)外”管理，海關(guān)實(shí)行“一次報關(guān)，一次審單，一次查驗(yàn)”通關(guān)管理模式，通過預(yù)約加班的方法，區(qū)內(nèi)企業(yè)實(shí)現(xiàn)24小時通關(guān)的要求。
國內(nèi)的加工企業(yè)，按照海關(guān)對加工企業(yè)監(jiān)管規(guī)定，加工企業(yè)生產(chǎn)出的成品必須限期出口核銷，如果該產(chǎn)生在國內(nèi)欠缺或有較大的市場，即可轉(zhuǎn)為內(nèi)銷。另有一部分貿(mào)易公司，因業(yè)務(wù)需要，向國內(nèi)加工企業(yè)訂購貨物，但因加工貿(mào)易手冊管理需要，只能在香港交貨，也存在內(nèi)銷情況。
  產(chǎn)品出口時，一般國內(nèi)加工企業(yè)的做法都是先將產(chǎn)品出口至香港，然后再從香港進(jìn)口到國內(nèi)，雖然此舉達(dá)到了出口轉(zhuǎn)內(nèi)銷的目的，但產(chǎn)生了較高的成本費(fèi)用。其實(shí)，企業(yè)完全可以利用物流園區(qū)作為出口轉(zhuǎn)內(nèi)銷的快捷通道。國內(nèi)加工企業(yè)將產(chǎn)品運(yùn)進(jìn)物流園區(qū)即可實(shí)現(xiàn)核銷，當(dāng)國內(nèi)的銷售商或廠商需進(jìn)口該產(chǎn)品時可直接從物流園區(qū)提貨，這樣，加工企業(yè)就可省下一筆可觀的費(fèi)用開支。


轉(zhuǎn)廠流程如下：  
1.出口方貨柜車輛到達(dá)前一天將詳細(xì)出貨報關(guān)資料提交我行做預(yù)錄入。
發(fā)票————裝箱單——-手冊表頭表體——-申報要素——-代理報關(guān)委托書，如需商檢，請?zhí)峁┩P(guān)單或商檢換證憑條、代理報檢委托書、自理報檢備案號、營業(yè)執(zhí)照復(fù)印件等其他資料。
2.同時進(jìn)口方也提交詳細(xì)進(jìn)口報關(guān)資料給我司做預(yù)錄入。
合同——-發(fā)票——裝箱單————手冊表頭表體——-報關(guān)委托書，如需商檢，請?zhí)峁┳岳韴髾z委托書、自理報檢備案號、營業(yè)執(zhí)照復(fù)印件等其他資料
3.貨柜車開至海關(guān)監(jiān)管場前，提前聯(lián)系我司報關(guān)員。按指引進(jìn)出監(jiān)管區(qū)。
4.我司開始向海關(guān)正式申報進(jìn)出口報關(guān)操作。其中，出口報關(guān)完成，貨柜車出監(jiān)管區(qū)至保稅區(qū)兜圈等報關(guān)員通知進(jìn)來，完成進(jìn)口報關(guān)審批。
    5.進(jìn)口審批，如遇查車檢驗(yàn)，一定要配合海關(guān)操作，驗(yàn)核完成，等報關(guān)員通知放行后，按指引出區(qū)。
即整個轉(zhuǎn)廠（一日游）流程完成。
一般三小時即可完成出口再進(jìn)口，貨車啟運(yùn)進(jìn)口方倉庫。